Die Selbstreinigung des zuvor
gefilterten Regenwassers in der Zisterne erfolgt im wesentlichen durch die Sedimentation. Feinstpartikel ( kleiner 0,2 mm), die bei der Filterung nicht zurückgehalten wurden, sinken langsam zu Boden und bilden dort eine Sedimentschicht. Diese Schicht nimmt pro Jahr um ca. 1-2 mm zu, auf der sich mit der Zeit ein biologischer Rasen bildet. Dieser Rasen oder auch Biofilm genannt, führt zum weitgehenden Abbau der organischen Schmutzstoffe im Sediment. Dieser biologische Prozess wird seit jeher in der Abwassertechnik genutzt und entspricht den Mechanismen der "natürlichen Selbstreinigungskraft" von Gewässern.
Wird nicht oder schlecht gefiltertes Wasser der Zisterne zugeführt, ist das "zuviel" an Schmutzstoffen der Grund dafür, dass die Selbstreinigungskraft nicht ausreicht und das Wasser umkippt, stinkt und faulig wird.
Um die Reinigungsfunktion zu unterstützen, wird das Regenwasser von unten nach oben über den
beruhigten Zulauf in den Regenwassertank geführt. Selbst feinste Schwebstoffe setzen sich rasch ab, ohne die Sedimentschicht aufzuwirbeln. Folglich wird der Biofilm im Sediment stets mit frischem, sauerstoffreichem Wasser versorgt. Bei Beachtung dieser Regeln sollte eine Teilreinigung von der Sedimentschicht nicht vor 5-7 Jahren Betriebsdauer erforderlich sein.